Nội dung tập huấn gồm: Chiến lược quốc gia phòng, chống HIV/AIDS đến năm 2020 và tầm nhìn 2030, một số văn bản mới ban hành; Chương trình phối hợp đẩy mạnh phong trào “Toàn dân tham gia phòng, chống HIV/AIDS giai đoạn 2012 - 2020; Công tác phòng, chống HIV/AIDS ở Việt Nam; An toàn thực phẩm đối với dịch vụ ăn uống và thức ăn đường phố; Hệ thống cảnh báo nhanh về an toàn thực phẩm và nguy cơ an toàn thực phẩm trong tình hình hiện nay; Công tác quản lý chất lượng thuốc và hoạt động kiểm tra, kiểm soát đảm bảo chất lượng thuốc tại Việt Nam; Tình hình hoạt động và đầu tư sản xuất thuốc, chất lượng thuốc của các doanh nghiệp trong nước; Các quy định mới về đấu thầu mua thuốc trong các cơ sở y tế và việc ưu tiên thuốc sản xuất trong nước; Công tác quản lý nhà nước đối với hoạt động y dược học cổ truyền và một số kiến thức cơ bản về y dược học cổ truyền hiện nay.
Hội nghị đã giành nhiều thời gian để đại biểu trao đổi, thảo luận những vấn đề xã hội đang quan tâm hiện nay như: an toàn thực phẩm đối với dịch vụ ăn uống và thức ăn đường phố; tình hình quản lý nhà nước về hoạt động sản xuất, chế biến và chất lượng thuốc của các doanh nghiệp dược trong và ngoài nước; các qui định mới về đấu thầu mua thuốc trong các cơ sở y tế... Đa số đại biểu đề nghị Trung ương cần phải kịp thời bổ sung, đổi mới và cụ thể hóa các văn bản chỉ đạo về các chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước đối với một số vấn đề xã hội phù hợp với tình hình và điều kiện ở các địa phương hiện nay.