Sau năm 1954, với âm mưu chia cắt lâu dài đất nước ta, các thế lực cầm quyền của đế quốc Mỹ và tay sai đã ngang nhiên xóa bỏ hiệp định Giơ-ne-vơ, đưa quân xâm lược, biến miền Nam Việt Nam thành thuộc địa kiểu mới và căn cứ quân sự, làm bàn đạp tấn công miền Bắc. Trước tình hình đó, Đảng ta đã xác định, con đường giải phóng miền Nam là con đường cách mạng bạo lực và đề ra chủ trương, nhanh chóng tổ chức chi viện sức người, sức của, vũ khí từ miền Bắc xã hội chủ nghĩa cho chiến trường miền Nam.
Thực hiện chủ trương của Trung ương Đảng và Tổng Quân ủy, ngày 19/5/1959, “Đoàn công tác quân sự đặc biệt” (đơn vị tiền thân của Đoàn 559) được thành lập với nhiệm vụ xây dựng tuyến chi viện chiến lược trên bộ và trên biển cho miền Nam. Đến tháng 7/1959, Tiểu đoàn 603 trực thuộc Đoàn 559 được thành lập, có nhiệm vụ nghiên cứu tìm phương thức vận chuyển bằng đường biển chi viện vũ khí cho chiến trường miền Nam. Để giữ bí mật, Tiểu đoàn lấy tên là “Tập đoàn đánh cá Sông Gianh”. Cuối năm 1959, Tiểu đoàn 603 tổ chức chuyến thuyền vượt biển đầu tiên vào chiến trường Khu V nhưng không thành công, do vậy Tổng Quân ủy quyết định cho Tiểu đoàn 603 ngừng hoạt động để tìm phương án mới.
Đầu năm 1960, cùng với phong trào Đồng khởi Bến Tre, phong trào cách mạng của các tỉnh đồng bằng Nam Bộ chuyển mạnh lên thế tiến công và trở thành cao trào đồng khởi rộng khắp. Để đáp ứng yêu cầu vận chuyển vũ khí, hàng hóa chi viện cho chiến trường Nam Bộ và Nam Trung Bộ, trong khi vận chuyển đường bộ của Đoàn 559 trên dãy Trường Sơn chưa vươn tới; Tổng Quân ủy tiếp tục chỉ đạo Bộ Tổng Tham mưu khẩn trương nghiên cứu đề án mới về xây dựng và tổ chức lực lượng vận tải biển chi viện cho chiến trường Nam Bộ và Khu 5; Bộ Chính trị chỉ thị cho Trung ương Cục miền Nam chỉ đạo các tỉnh ven biển ở miền Trung và Nam Bộ chủ động chuẩn bị bến, bãi và tổ chức đưa thuyền vượt biển ra miền Bắc, vừa thăm dò, nắm tình hình địch, nghiên cứu tuyến vận chuyển trên biển, vừa nhận vũ khí để kịp thời cung cấp cho cách mạng miền Nam.
Từ giữa năm 1961 đến giữa năm 1962, lãnh đạo của Mặt trận Dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam ở các tỉnh Bến Tre, Cà Mau, Trà Vinh và Bà Rịa đã cử 5 thuyền gỗ từ miền Nam ra miền Bắc để báo cáo tình hình, xin tiếp tế vũ khí và sau đó trực tiếp vận chuyển vũ khí, dẫn đường cho các tàu tiếp tế giả dạng tàu đánh cá từ Bắc vào Nam. Những chuyến thuyền vận chuyển thành công là một trong những cơ sở quan trọng để xúc tiến việc thành lập đoàn vận tải thủy tiếp tế vũ khí cho miền Nam. Ngày 23/10/1961, Bộ Tổng Tư lệnh ra Quyết định số 97/QP thành lập Đoàn 759 vận tải thủy, đồng chí Trung tá Đoàn Hồng Phước làm Đoàn trưởng. Lực lượng của Đoàn ban đầu có 38 cán bộ, chiến sĩ, trong đó có 20 đồng chí thuộc các thuyền của Bến Tre, Trà Vinh và Liên khu V vừa điều ra. Cuối năm 1961, Đề án công tác của Đoàn đã được Quân ủy Trung ương và Bộ Tổng Tư lệnh thông qua.
Quyết định thành lập Đoàn 759 thể hiện tầm nhìn chiến lược và sáng tạo của Bộ Chính trị mà trực tiếp là Quân ủy Trung ương và Bộ Tổng tư lệnh, đánh dấu mốc lịch sử quan trọng, mở ra bước phát triển mới của tuyến đường vận tải chiến lược trên biển chi viện cho chiến trường miền Nam. Ngày 23/10 trở thành Ngày truyền thống của Đoàn 759, tiền thân Lữ đoàn 125, Bộ Tư lệnh Vùng 2 - Quân chủng Hải quân ngày nay, đồng thời là Ngày mở Đường Hồ Chí Minh trên biển.